Что лучше писать программы под микроконтроллеры AVR в среде A tmel, либо на заморачивать с регистрами и портами, таймерами и т. д. И писать в Arduino IDE. Arduino говорят не полностью может использовать ресурсы контроллера.

Для начинающих на мой взгляд лучше подойдет Arduino. Также лучше использовать ее если вам нужно что ни будь быстро за пилить и вы не радиотехник)